Dès le IX siècle, une chapelle dédiée à saint Médard aurait été construite le long d'une voie romaine qui menait de Lutèce à Lyon ; l'existence d'une église est attestée dès 1163.

À chaque siècle, les paroissiens ont voulu contribuer à l'agrandissement et à l'embellissement de leur église.  C'est ainsi qu'à partir des trois premières travées de la nef (gothique flamboyant de la fin du XVI siècle), on découvre un chœur élargi du XVI° au XVIII° siècle, et recouvert d'une voûte en bois, provisoire mais... toujours en place.

Les travaux de reconstruction, interrompus par manque d'argent seront achevés grâce aux sommes allouées par le Parlement de Paris à la suite du "Tumulte de Saint Médard" : en décembre 1561, un "différend" de voisinage entre protestants et catholiques entraîne le saccage de l'église par les protestants.

En 1655, Saint-Médard est érigée en paroisse rattachée au diocèse de Paris.

Au début du XVIII' siècle, le diacre Pâris, paroissien janséniste estimé pour sa piété et son ascétisme, est enterré dans le charnier de Saint-Médard ; sa tombe devient un lieu de prière et de pèlerinage.  Très vite on évoque des miracles, des manifestations de transes et de psychoses collectives ("Convulsionnaires de Saint-Médard"), qui amènent une foule de curieux et des désordres au cimetière.  Une ordonnance royale en ordonnera la fermeture en 1732.  Le lendemain, on peut lire sur la porte l'inscription due à un plaisantin: "De par le Roy, défense à Dieu de faire miracle en ce lieu".

Pendant la Révolution, en 1790, le père Dubois, alors curé de Saint-Médard, est un des premiers de Paris à prêter serment lors de la constitution civile du clergé.

Sous la Convention, le culte est aboli et Saint-Médard fermée 2 ans.  Sous le Directoire, l'église réouverte sera également un lieu de cultes civils (Théophilanthropes) ; elle s'appellera "Temple du Travail" pendant 10 mois.

Au XIX° siècle des personnalités du Muséum (Jussieu, Geoffroy Saint-Hilaire) prennent part à la vie de la paroisse ; Sœur Rosalie, sœur de la Charité responsable de la maison de la Charité de la rue de l'Épée de Bois, sera reconnue pour son dévouement vis-à-vis des malades, des pauvres et des émeutiers sur les barricades de 1848. À cette époque, de nombreux aménagements intérieurs et extérieurs sont entrepris dans l'église ; le cimetière sud est transformé en square.

L'abbé Ernest Jouin, curé de 1894 à 1899, fonde le patronage paroissial de garçons (ancêtre de la Maison des jeunes).

En 1901, la Chapelle des Catéchismes est édifiée sur l'emplacement de l'ancien charnier où fut enterré le diacre Pâris.

Des transformations intérieures ont lieu en 1960 ; l'église est ravalée en 1974.  En 1989, la chapelle des catéchismes est supprimée et on y crée la Maison Saint-Médard.

CHOEUR :  Gloire du XVII° siècle
Fragments de vitraux du XVII° siècle

NEF : Clés de voûte (XV° et XVII° siècles)
Orgue (Buffet du XVII°, classé Monument historique) Chaire (1718)

CHAPELLES LATÉRALES :

Tableaux: "Sainte Geneviève", de Charles Eisen (1720-1778)
"Le mariage de la Vierge", de Alexandre Caminade (1824)
"Le couronnement de la première rosière", de Dupré (1826)
"L'Annonciation", attribuée à Claude Vignon (1617)
"Le Christ au tombeau" (école de Philippe de